filsystemet?

Hvis det er program du installere bare som alm. bruger uden om pakkesystemet placerer du det bare i en eller anden mappe i din egen home mappe. Hvis du installere et program som root så placeres filerne i forskellige mapper alt efter hvad slags det er. Det vil sige at selve den kørbare fil placeres i /usr/bin mappen og diverse andre filer placeres som fx i /usr/share og /usr/lib.

Prøv at kigge lidt på hitsne fra den her søgning:
http://www.google.dk/search?q=file+structure+linux&ie=utf-8&oe=utf-8&aq…

Det burde forklare lidt om hvordan tingene er struktureret

der bliver ledt i alle mapperne som står i din PATH variabel, den kan du se ved at skrive echo $PATH

Hvis du er ved at installere et program, kan du selv vælge, men hvis du er ved at lave en pakke til din dist som skal bruges af andre end dig selv er det en idé at konsultere din dist's retningslinjer.

Jeg har f.eks. de spil som ikke er installeret med pakkemanageren til at ligge i /home/dusted/storage/tb2/games/ så får at åbne dem går jeg derind og ned i spillets undermappe og skriver ./ foran den kørbare fil.

#0
Oftest installeres programmer i /usr/. Men når du installerer pakker er det pakken der bestemmer hvor filerne placeres.

Hvis du f.eks. bruger en RPM-distro, kan du se hvilke filer en pakke installerer og hvor med 'rpm -ql [pakkenavn]'

.. på Debian-distros er det vist 'dpkg -L [pakkenavn]'

Og i forlængelse af #4 så er det pacman -Ql pakkenavn i Arch Linux,