Filer forsvinder ved kopiering

Er her nogle som ved hvad der sker når filer forsvinder ved kopiering?

Feks. har jeg prøvet det en del gange med min musiksamling som består af ca. 13.000 filer.

Det er hele min musiksamling som jeg har lagt ind som flac igennem tiden, som jeg har oplevet forsvinder ind når jeg kopiere eller flytter.
Den ene gang var da jeg skulle have det ud fra mit appletv hvor det blev brugt i xbmc. for der røg over 1000 filer.
Sidst var i går da jeg tog backup fra mit mediecenter(ubuntu 11.10 ext4) kasse og lagde det ud på en ekstern disk med ext4 filsystem på. hvor ca. 2000 filer ikke kom med.

jeg har nu prøvet det på både ntfs og ext4 diske som enda er helt nye, og uden nogen former for fejlmeldinger, det er filer hist og her som forsvinder, så nogle albums mister et par numre.

Det er ikke ret fedt da jeg har brugt år på at ligge min cdsamling ind, og enda gjort det flere gange da jeg har mistet filer